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2025-01-10 16:55 | 星期五

Ubuntu上如何安装GROMACS

在Ubuntu上安装GROMACS的步骤如下:

  1. 打开终端(Terminal)。

  2. 更新软件包列表,输入以下命令:

sudo apt update
  1. 安装GROMACS所需的依赖项,输入以下命令:
sudo apt install cmake build-essential libfftw3-dev libhwloc-dev cmake-data libopenmpi-dev libboost-all-dev
  1. 下载GROMACS源代码,可以从官方网站下载最新版本:http://www.gromacs.org/Downloads 也可以使用wget命令直接下载,例如下载版本2021.5:
wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz
  1. 解压下载的源代码文件:
tar -zxvf gromacs-2021.5.tar.gz
  1. 进入解压后的目录:
cd gromacs-2021.5
  1. 创建一个构建目录并进入:
mkdir build
cd build
  1. 运行cmake来配置编译选项:
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

这里,我们启用了自带的FFTW库,并下载回归测试所需的数据。你可以根据需要调整其他选项。

  1. 编译GROMACS:
make
  1. 安装GROMACS:
sudo make install
  1. 为了在终端中方便地运行GROMACS,你可以将其添加到系统路径中:
echo "export PATH=\$PATH:/usr/local/gromacs/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

现在你已经成功地在Ubuntu上安装了GROMACS,可以通过在终端中输入gmx来运行它。

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